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RNAhybrid
RNAsnoop
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WMD3 - Web MicroRNA Designer
Artificial microRNAs
WMD3 - Web app for the automated design of artificial microRNAs.
RNA structure prediction software on WIKI

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mysql -h genome-mysql.cse.ucsc.edu -A -u genome -D hg19

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請先注意看:
http://www.mirbase.org/blog/2011/04/whats-in-a-name/
 
miRBase 17 已於2011/4/26 released

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原文
http://pwwang.com/technology/svm/libsvm-288中文文档tools/
=================================================
 

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In Silico PCR is implemented by Jim Kent and located in UCSC Genome Browser.
isPcr 是 Jim Kent 軟體中非常好用的工具
isPcr - Standalone v 34x2 In-Situ PCR Program
usage:
   isPcr database query output
where database is a fasta, nib, or twoBit file or a text file containing
a list of these files,  query is a text file file containing three columns: name,
forward primer, and reverse primer,  and output is where the results go.
The names 'stdin' and 'stdout' can be used as file names to make using the
program in pipes easier.
options:
   -ooc=N.ooc  Use overused tile file N.ooc.  N should correspond to
               the tileSize
   -tileSize=N the size of match that triggers an alignment.
               Default is 11 .
   -stepSize=N spacing between tiles. Default is 5.
   -maxSize=N - Maximum size of PCR product (default 4000)
   -minSize=N - Minimum size of PCR product (default 0)
   -minPerfect=N - Minimum size of perfect match at 3' end of primer (default 15)
   -minGood=N - Minimum size where there must be 2 matches for each mismatch (default 15)
   -mask=type  Mask out repeats.  Alignments won't be started in masked region
               but may extend through it in nucleotide searches.  Masked areas
               are ignored entirely in protein or translated searches. Types are
                 lower - mask out lower cased sequence
                 upper - mask out upper cased sequence
                 out   - mask according to database.out RepeatMasker .out file
                 file.out - mask database according to RepeatMasker file.out
   -makeOoc=N.ooc Make overused tile file. Database needs to be complete genome.
   -repMatch=N sets the number of repetitions of a tile allowed before
               it is marked as overused.  Typically this is 256 for tileSize
               12, 1024 for tile size 11, 4096 for tile size 10.
               Default is 1024.  Only comes into play with makeOoc
   -flipReverse Reverse complement reverse (second) primer before using
   -out=XXX - Output format.  Either
      fa - fasta with position, primers in header (default)
      bed - tab delimited format. Fields: chrom/start/end/name/score/strand
      psl - blat format.

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原來CSS裡面的註解要用
1. /*    */      <------這個比較相容於所有的瀏覽器
2. //               <----- IE8, FireFox 3.6都可以正常work,但是IE 6會出錯

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SED單行腳本快速參考
#在每一行後面增加一空行sed G

#將原來的所有空行刪除並在每一行後面增加一空行。
#這樣在輸出的文本中每一行後面將有且只有一空行。
sed ‘/^$/d;G’
#在每一行後面增加兩行空行sed ‘G;G’
#將第一個腳本所產生的所有空行刪除(即刪除所有偶數行)
sed ‘n;d’
#在匹配式樣“regex”的行之前插入一空行sed ‘/regex/{x;p;x;}’
#在匹配式樣“regex”的行之後插入一空行sed ‘/regex/G’
#在匹配式樣“regex”的行之前和之後各插入一空行sed ‘/regex/{x;p;x;G;}’
編號:
——–
#為文件中的每一行進行編號(簡單的左對齊方式)。 這裡使用了“製表符”
# (tab,見本文末尾關於’\t’的用法的描述)而不是空格來對齊邊緣。
sed = filename | sed ‘N;s/\n/\t/’
#對文件中的所有行編號(行號在左,文字右端對齊)。
sed = filename | sed ‘N; s/^/ /; s/ *\(.\{6,\}\)\n/\1 /’
#對文件中的所有行編號,但只顯示非空白行的行號。
sed ‘/./=’ filename | sed ‘/./N; s/\n/ /’
#計算行數(模擬”wc -l”)
sed -n ‘$=’
文本轉換和替代:
——–
# Unix環境:轉換DOS的新行符(CR/LF)為Unix格式。
sed ’s/.$//’ #假設所有行以CR/LF結束sed ’s/^M$//’ #在bash/tcsh中,將按Ctrl-M改為按Ctrl-V
sed ’s/
$//’ # ssed、gsed 3.02.80,及更高版本# Unix環境:轉換Unix的新行符(LF)為DOS格式。
sed “s/$/`echo -e \\\r`/” #在ksh下所使用的命令sed ’s/$’”/`echo \\\r`/” #在bash下所使用的命令sed “s/$/`echo \\\r`/” #在zsh下所使用的命令sed ’s/$/\r/’ # gsed 3.02.80及更高版本# DOS環境:轉換Unix新行符(LF)為DOS格式。
sed “s/$//” #方法1
sed -np #方法2
# DOS環境:轉換DOS新行符(CR/LF)為Unix格式。
#下面的腳本只對UnxUtils sed 4.0.7及更高版本有效。 要識別UnxUtils版本的# sed可以通過其特有的“–text”選項。 你可以使用幫助選項(“–help”)看#其中有無一個“–text”項以此來判斷所使用的是否是UnxUtils版本。 其它DOS
#版本的的sed則無法進行這一轉換。 但可以用“tr”來實現這一轉換。
sed “s/\r//” infile >outfile # UnxUtils sed v4.0.7或更高版本tr -d \r outfile # GNU tr 1.22或更高版本#將每一行前導的“空白字符”(空格,製表符)刪除#使之左對齊sed ’s/^[ \t]*//’ #見本文末尾關於’\t’用法的描述#將每一行拖尾的“空白字符” (空格,製表符)刪除sed ’s/[ \t]*$//’ #見本文末尾關於’\t’用法的描述#將每一行中的前導和拖尾的空白字符刪除sed ‘ s/^[ \t]*//;s/[ \t]*$//’
#在每一行開頭處插入5個空格(使全文向右移動5個字符的位置)
sed ’s/^/ /’
#以79個字符為寬度,將所有文本右對齊sed -e :a -e ’s/^.\{1,78\}$/ &/;ta’ # 78個字符外加最後的一個空格#以79個字符為寬度,使所有文本居中。 在方法1中,為了讓文本居中每一行的前#頭和後頭都填充了空格。 在方法2中,在居中文本的過程中只在文本的前面填充#空格,並且最終這些空格將有一半會被刪除。 此外每一行的後頭並未填充空格。
sed -e :a -e ’s/^.\{1,77\}$/ & /;ta’ #方法1
sed -e :a -e ’s/^.\{1,77\}$/ &/;ta’ -e ’s/\( *\)\1/\1/’ #方法2
#在每一行中查找字串“foo”,並將找到的“foo”替換為“bar”
sed ’s/foo/bar/’ #只替換每一行中的第一個“foo”字串sed ’s/foo/bar/4′ #只替換每一行中的第四個“foo”字串sed ‘ s/foo/bar/g’ #將每一行中的所有“foo”都換成“bar”
sed ’s/\(.*\)foo\(.*foo\)/\1bar\2/’ #替換倒數第二個“foo”
sed ’s/\(.*\)foo/\1bar/’ #替換最後一個“foo”
#只在行中出現字串“baz”的情況下將“foo”替換成“bar”
sed ‘/baz/s/foo/bar/g’
#將“foo”替換成“bar”,並且只在行中未出現字串“baz”的情況下替換sed ‘/baz/!s/foo/bar/g’
#不管是“scarlet”“ruby”還是“puce”,一律換成“red”
sed ’s/scarlet/red/g;s/ruby/red/g;s/puce/red/g’ #對多數的sed都有效gsed ’s/scarlet\|ruby\|puce/red/g’ #只對GNU sed有效#倒置所有行,第一行成為最後一行,依次類推(模擬“tac”)。
#由於某些原因,使用下面命令時HHsed v1.5會將文件中的空行刪除sed ‘1!G;h;$!d’ #方法1
sed -n ‘1!G;h;$p’ #方法2
#將行中的字符逆序排列,第一個字成為最後一字,……(模擬“rev”)
sed ‘/\n/!G;s/\(.\)\(.*\n\)/&\2\1/;//D;s/.//’
#將每兩行連接成一行(類似“paste”)
sed ‘$!N;s/\n/ /’
#如果當前行以反斜杠“\”結束,則將下一行並到當前行末尾#並去掉原來行尾的反斜杠sed -e :a -e ‘/\\$/N; s/ \\\n//; ta’
#如果當前行以等號開頭,將當前行並到上一行末尾#並以單個空格代替原來行頭的“=”
sed -e :a -e ‘$!N;s/\n=/ /;ta’ -e ‘P;D’
#為數字字串增加逗號分隔符號,將“1234567”改為“1,234,567”
gsed ‘:a;s/\B[0-9]\{3\}\>/,&/;ta’ # GNU sed
sed -e :a -e ’s/\(.*[0-9]\)\([0-9]\{3\}\)/\1,\2/;ta’ #其他sed
#為帶有小數點和負號的數值增加逗號分隔符(GNU sed)
gsed -r ‘:a;s/(^|[^0-9.])([0-9]+)([0-9]{3})/\1\2,\3/g;ta ‘
#在每5行後增加一空白行(在第5,10,15,20,等行後增加一空白行)
gsed ‘0~5G’ #只對GNU sed有效sed ‘n;n;n;n;G;’ #其他sed
選擇性地顯示特定行:
——–
#顯示文件中的前10行(模擬“head”的行為)
sed 10q
#顯示文件中的第一行(模擬“head -1”命令)
sed q
#顯示文件中的最後10行(模擬“tail”)
sed -e :a -e ‘$q;N;11,$D;ba’
#顯示文件中的最後2行(模擬“tail -2”命令)
sed ‘$!N;$!D’
#顯示文件中的最後一行(模擬“tail -1”)
sed ‘$!d’ #方法1
sed -n ‘$p’ #方法2
#顯示文件中的倒數第二行sed -e ‘$!{h;d;}’ -ex #當文件中只有一行時,輸入空行sed -e ‘1{$q;}’ -e ‘$ !{h;d;}’ -ex #當文件中只有一行時,顯示該行sed -e ‘1{$d;}’ -e ‘$!{h;d;}’ -ex #當文件中只有一行時,不輸出#只顯示匹配正則表達式的行(模擬“grep”)
sed -n ‘/regexp/p’ #方法1
sed ‘/regexp/!d’ #方法2
#只顯示“不”匹配正則表達式的行(模擬“grep -v”)
sed -n ‘/regexp/!p’ #方法1,與前面的命令相對應sed ‘/regexp/d’ #方法2,類似的語法#查找“regexp”並將匹配行的上一行顯示出來,但並不顯示匹配行sed -n ‘/regexp/{g;1!p;};h’
#查找“regexp”並將匹配行的下一行顯示出來,但並不顯示匹配行sed -n ‘/regexp/{n;p;}’
#顯示包含“regexp”的行及其前後行,並在第一行之前加上“regexp”所#在行的行號(類似“grep -A1 -B1”)
sed -n -e ‘/regexp/{=;x;1!p;g;$!N;p;D;}’ -eh
#顯示包含“AAA”、“BBB”或“CCC”的行(任意次序)
sed ‘/AAA/!d; /BBB/!d; /CCC/!d’ #字串的次序不影響結果#顯示包含“AAA”、“BBB”和“CCC”的行(固定次序)
sed ‘/AAA.*BBB.*CCC/!d’
#顯示包含“AAA”“BBB”或“CCC”的行(模擬“egrep”)
sed -e ‘/AAA/b’ -e ‘/BBB/b’ -e ‘/CCC/b’ -ed #多數sed
gsed ‘/AAA\|BBB\|CCC/!d’ #對GNU sed有效#顯示包含“AAA”的段落(段落間以空行分隔)
# HHsed v1.5必須在“x;”後加入“G;”,接下來的3個腳本都是這樣sed -e ‘/./{H;$!d;}’ -e ‘x;/AAA /!d;’
#顯示包含“AAA”“BBB”和“CCC”三個字串的段落(任意次序)
sed -e ‘/./{H;$!d;}’ -e ‘x;/AAA/!d;/BBB/!d;/CCC/!d’
#顯示包含“AAA”、“BBB”、“CCC”三者中任一字串的段落(任意次序)
sed -e ‘/./{H;$!d;}’ -e ‘x;/AAA/b’ -e ‘/BBB/b’ -e ‘/CCC/b’ -ed
gsed ‘/./{H;$!d;};x;/AAA\|BBB\|CCC/b;d’ #只對GNU sed有效#顯示包含65個或以上字符的行sed -n ‘/ ^.\{65\}/p’
#顯示包含65個以下字符的行sed -n ‘/^.\{65\}/!p’ #方法1,與上面的腳本相對應sed ‘/^.\{65\}/d’ #方法2,更簡便一點的方法#顯示部分文本——從包含正則表達式的行開始到最後一行結束sed -n ‘/regexp/,$p’
#顯示部分文本——指定行號範圍(從第8至第12行,含8和12行)
sed -n ‘8,12p’ #方法1
sed ‘8,12!d’ #方法2
#顯示第52行sed -n ‘52p’ #方法1
sed ‘52!d’ #方法2
sed ‘52q;d’ #方法3,處理大文件時更有效率#從第3行開始,每7行顯示一次gsed -n ‘3~7p’ #只對GNU sed有效sed -n ‘3,$ {p;n;n;n;n;n;n;}’ #其他sed

註解:原來sed有可以中斷的方法,找到目標後馬上離開檔案(在肥大檔案中顯示特定列數,非常有效率)
#顯示兩個正則表達式之間的文本(包含)
sed -n ‘/Iowa/,/Montana/p’ #區分大小寫方式選擇性地刪除特定行:
——–
#顯示通篇文檔,除了兩個正則表達式之間的內容sed ‘/Iowa/,/Montana/d’
#刪除文件中相鄰的重複行(模擬“uniq”)
#只保留重複行中的第一行,其他行刪除sed ‘$!N; /^\(.*\)\n\1$/!P; D’
#刪除文件中的重複行,不管有無相鄰。 注意hold space所能支持的緩存#大小,或者使用GNU sed。
sed -n ‘G; s/\n/&&/; /^\([ -~]*\n\).*\n\1/d; s/\n//; h; P’
#刪除除重複行外的所有行(模擬“uniq -d”)
sed ‘$!N; s/^\(.*\)\n\1$/\1/; t; D’
#刪除文件中開頭的10行sed ‘1,10d’
#刪除文件中的最後一行sed ‘$d’
#刪除文件中的最後兩行sed ‘N;$!P;$!D;$d’
#刪除文件中的最後10行sed -e :a -e ‘$d;N;2,10ba’ -e ‘P;D’ #方法1
sed -n -e :a -e ‘1,10!{P;N;D;};N;ba’ #方法2
#刪除8的倍數行gsed ‘0~8d’ #只對GNU sed有效sed ‘n;n;n;n;n;n;n;d;’ #其他sed
#刪除匹配式樣的行sed ‘/pattern/d’ #刪除含pattern的行。 當然pattern
#可以換成任何有效的正則表達式#刪除文件中的所有空行(與“grep ‘.’ ”效果相同)
sed ‘/^$/d’ #方法1
sed ‘/./!d’ #方法2
#只保留多個相鄰空行的第一行。 並且刪除文件頂部和尾部的空行。
# (模擬“cat -s”)
sed ‘/./,/^$/!d’ #方法1,刪除文件頂部的空行,允許尾部保留一空行sed ‘/^$/N;/\n$/D’ #方法2,允許頂部保留一空行,尾部不留空行#只保留多個相鄰空行的前兩行。
sed ‘/^$/N;/\n$/N;//D’
#刪除文件頂部的所有空行sed ‘/./,$!d’
#刪除文件尾部的所有空行sed -e :a -e ‘/^\n*$/{$d;N;ba’ -e ‘}’ #對所有sed有效sed -e :a -e ‘/ ^\n*$/N;/\n$/ba’ #同上,但只對gsed 3.02.*有效#刪除每個段落的最後一行sed -n ‘/^$/{p;h;};/ ./{x;/./p;}’
特殊應用:
——–
#移除手冊頁(man page)中的nroff標記。 在Unix System V或bash shell下使#用’echo’命令時可能需要加上-e選項。
sed “s/.`echo \\\b`//g” #外層的雙括號是必須的(Unix環境)
sed ’s/.^H//g’ #在bash或tcsh中,按Ctrl-V再按Ctrl-H
sed ’s/.//g’ # sed 1.5,GNU sed,ssed所使用的十六進制的表示方法#提取新聞組或e-mail的郵件頭sed ‘/^$/q’ #刪除第一行空行後的所有內容#提取新聞組或e-mail的正文部分sed ‘1,/^$/d’ #刪除第一行空行之前的所有內容#從郵件頭提取“Subject”(標題欄字段),並移除開頭的“Subject:”字樣sed ‘/^Subject: */!d; s///;q’
#從郵件頭獲得回复地址sed ‘/^Reply-To:/q; /^From:/h; /./d;g;q’
#獲取郵件地址。 在上一個腳本所產生的那一行郵件頭的基礎上進一步的將非電郵#地址的部分剃除。 (見上一腳本)
sed ’s/ *(.*)//; s/>.*//; s/.*[:< ] *//’
#在每一行開頭加上一個尖括號和空格(引用信息)
sed ’s/^/> /’
#將每一行開頭處的尖括號和空格刪除(解除引用)
sed ’s/^> //’
#移除大部分的HTML標籤(包括跨行標籤)
sed -e :a -e ’s/< [^>]*>//g;/zipup.bat
dir /b *.txt | sed “s/^\(.*\)\.TXT/pkzip -mo \1 \1.TXT/” >>zipup.bat
使用SED:Sed接受一個或多個編輯命令,並且每讀入一行後就依次應用這些命令。
當讀入第一行輸入後,sed對其應用所有的命令,然後將結果輸出。 接著再讀入第二行輸入,對其應用所有的命令……並重複這個過程。 上一個例子中sed由標準輸入設備(即命令解釋器,通常是以管道輸入的形式)獲得輸入。 在命令行給出一個或多個文件名作為參數時,這些文件取代標準輸入設備成為sed的輸入。 sed的輸出將被送到標準輸出(顯示器)。 因此:
cat filename | sed ‘10q’ #使用管道輸入sed ‘10q’ filename #同樣效果,但不使用管道輸入sed ‘10q’ filename > newfile #將輸出轉移(重定向)到磁盤上要了解sed命令的使用說明,包括如何通過腳本文件(而非從命令行)來使用這些命令,請參閱《sed & awk》第二版,作者Dale Dougherty和Arnold Robbins
(O’Reilly,1997;http://www.ora.com),《UNIX Text Processing》,作者Dale Dougherty和Tim O’Reilly(Hayden Books,1987)或者是Mike Arst寫的教程——壓縮包的名稱是“U-SEDIT2.ZIP”(在許多站點上都找得到)。 要發掘sed
的潛力,則必須對“正則表達式”有足夠的理解。 正則表達式的資料可以看《Mastering Regular Expressions》作者Jeffrey Friedl(O’reilly 1997)。
Unix系統所提供的手冊頁(“man”)也會有所幫助(試一下這些命令“man sed”、“man regexp”,或者看“man ed”中關於正則表達式的部分),但手冊提供的信息比較“抽象”——這也是它一直為人所詬病的。 不過,它本來就不是用來教初學者如何使用sed或正則表達式的教材,而只是為那些熟悉這些工具的人提供的一些文本參考。
括號語法:前面的例子對sed命令基本上都使用單引號(’…’)而非雙引號(”…”)這是因為sed通常是在Unix平台上使用。 單引號下,Unix的shell(命令解釋器)不會對美元符($)和後引號(`…`)進行解釋和執行。 而在雙引號下美元符會被展開為變量或參數的值,後引號中的命令被執行並以輸出的結果代替後引號中的內容。 而在“csh”及其衍生的shell中使用感嘆號(!)時需要在其前面加上轉義用的反斜杠(就像這樣:\!)以保證上面所使用的例子能正常運行(包括使用單引號的情況下)。 DOS版本的Sed則一律使用雙引號(”…”)而不是引號來圈起命令。
‘\t’的用法:為了使本文保持行文簡潔,我們在腳本中使用’\t’來表示一個製表符。 但是現在大部分版本的sed還不能識別’\t’的簡寫方式,因此當在命令行中為腳本輸入製表符時,你應該直接按TAB鍵來輸入製表符而不是輸入’\t’ 。 下列的工具軟件都支持’\t’做為一個正則表達式的字元來表示製表符:awk、perl、HHsed、
sedmod以及GNU sed v3.02.80。
不同版本的SED:不同的版本間的sed會有些不同之處,可以想像它們之間在語法上會有差異。 具體而言,它們中大部分不支持在編輯命令中間使用標籤(:name)或分支命令(b,t),除非是放在那些的末尾。 這篇文檔中我們盡量選用了可移植性較高的語法,以使大多數版本的sed的用戶都能使用這些腳本。 不過GNU版本的sed允許使用更簡潔的語法。 想像一下當讀者看到一個很長的命令時的心情:
sed -e ‘/AAA/b’ -e ‘/BBB/b’ -e ‘/CCC/b’ -ed
好消息是GNU sed能讓命令更緊湊:
sed ‘/AAA/b;/BBB/b;/CCC/b;d’ #甚至可以寫成sed ‘/AAA\|BBB\|CCC/b;d’
此外,請注意雖然許多版本的sed接受象“/one/ s/RE1/RE2/”這種在’s’前帶有空格的命令,但這些版本中有些卻不接受這樣的命令:“/one /! s/RE1/RE2/”。 這時只需要把中間的空格去掉就行了。
速度優化:當由於某種原因(比如輸入文件較大、處理器或硬盤較慢等)需要提高命令執行速度時,可以考慮在替換命令(“s/…/…/”)前面加上地址表達式來提高速度。 舉例來說:
sed ’s/foo/bar/g’ filename #標準替換命令sed ‘/foo/ s/foo/bar/g’ filename #速度更快sed ‘/foo/ s//bar/g’ filename #簡寫形式當只需要顯示文件的前面的部分或需要刪除後面的內容時,可以在腳本中使用“q”
命令(退出命令)。 在處理大的文件時,這會節省大量時間。 因此:
sed -n ‘45,50p’ filename #顯示第45到50行sed -n ‘51q;45,50p’ filename #一樣,但快得多如果你有其他的單行腳本想與大家分享或者你發現了本文檔中錯誤的地方,請發電子郵件給本文檔的作者(Eric Pement)。 郵件中請記得提供你所使用的sed版本、
該sed所運行的操作系統及對問題的適當描述。 本文所指的單行腳本指命令行的長度在65個字符或65個以下的sed腳本〔譯註1〕。 本文檔的各種腳本是由以下所列作者所寫或提供:
Al Aab #建立了“seders”郵件列表Edgar Allen #許多方面Yiorgos Adamopoulos #許多方面Dale Dougherty # 《sed & awk》作者Carlos Duarte # 《do it with sed》作者Eric Pement #本文檔的作者Ken Pizzini # GNU sed v3.02的作者SG Ravenhall #去html標籤腳本Greg Ubben #有諸多貢獻並提供了許多幫助————————– ———————————————–
譯註1:大部分情況下,sed腳本無論多長都能寫成單行的形式(通過`-e’選項和`;’
號)——只要命令解釋器支持,所以這裡說的單行腳本除了能寫成一行還對長度有所限制。 因為這些單行腳本的意義不在於它們是以單行的形式出現。 而是讓用戶能方便地在命令行中使用這些緊湊的腳本才是其意義所在。
來源:http://sed.sourceforge.net/sed1line_zh-CN.html

轉載請註明文章轉載自:鄭氏網志


 


另外,有一個張學sed非常棒的概念圖:



O'Reilly Sed 第五章



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Ensembl Core API Tutorial
Perl modules documentation for Ensembl
I wanna to retrieve all the gene sequences through Ensembl API.

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http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/esearch_help.html
It's very useful for guys who want to download the papers abstract from PubMed.
It's the source code that I modified from other people.

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